Untuk mewujudkan visi sekolah, UPTD SMA Negeri 1 Papar menetapkan misi sekolah sebagai berikut :
1. Mengembangkan sikap dan perilaku religiusitas di lingkungan dalam dan luar sekolah sesuai dengan slogan STUPA yang memiliki pengertian SMA SATU PAPAR juga bermakna Santun, Tertib, Ulet, Peduli lingkungan dan Agamis.
2. Menciptakan lingkungan sekolah yang hijau, rapi, bersih, cantik, aman dan nyaman serta menanamkan sikap peduli lingkungan.
3. Mengembangkan budaya gemar membaca, rasa ingin tahu, bertoleransi, bekerja sama, saling menghargai, disiplin, jujur, kerja keras, kreatif, dan mandiri.
4. Menciptakan suasana pembelajaran yang aktif, produktif, efektif, kreatif, inovatif, menantang, menyenangkan, komunikatif, tanpa takut salah, dan demokratis sehingga meningkatkan ketuntasan belajar, perolehan NUN, pencapaian kelulusan maksimal serta memiliki daya saing dalam olimpiade dan masuk PTN.
5. Mengupayakan pemanfaatan waktu belajar, sumber daya fisik, dan manusia agar memberikan hasil yang terbaik bagi perkembangan pendidikan peserta didik (dengan melaksanakan program tambahan pelajaran, try out, pengayaan kelas khusus), untuk meningkatkan kemampuan peserta didik dalam perolehan nilai NUN, kelulusan serta memiliki daya saing dalam olimpiade dan masuk PTN.
6. Meningkatkan dan mengintensifkan pelaksanaan kegiatan ekstrakurikuler yang peduli lingkungan untuk mencapai prestasi non akademik yang maksimal
7. Menanamkan kepedulian sosial dan lingkungan hidup, cinta damai, toleran, cinta tanah air, semangat kebangsaan, dan hidup demokratis 8. Mempertebal ketaqwaan kepada Tuhan Yang Maha Esa dengan peringatan Hari Besar Agama.
